Ученый Совет академии занимается следующими вопросами:
- решение важнейших вопросов развития академии, его учебной, научной, медицинской деятельности, международных связей;
- внесение предложений по внесению изменений в Устав академии;
- принятие решений о структуре академии, о внесении в нее изменений;
выборы президента академии;
- рассмотрение проекта бюджета академии, анализ отчета о его исполнении;
рассмотрение кадровых вопросов, проведение конкурсных отборов претендентов на должности профессора, доцента, научного сотрудника и избирание заведующих кафедрами;
- рассмотрение и утверждение отчета о выполнении плана научно-исследовательской работы академии;
- принятие решения о представлении научно-педагогических работников академии к присвоению ученого звания профессора и доцента;
- ходатайство о награждении работников академии и обучающихся в академии правительственными наградами и о присвоении почетных званий Российской Федерации;
присвоение выдающимся ученым, получившим мировое признание, звание почетного профессора академии;
- установление порядка назначения студенческих стипендий;
- определение сроков и процедур проведения выборов ректора академии, порядка выдвижения кандидатур на должность ректора и требований к ним;
- осуществление иных полномочий, предусмотренных законодательством Российской Федерации и Уставом академии.
В состав Ученого совета академии входят ректор, который является председателем совета, проректоры, ученый секретарь Ученого совета академии, президент академии, а также по решению Ученого совета академии - деканы факультетов. Другие члены Ученого совета избираются на Конференции преподавателей, работников и обучающихся академии, путем тайного голосования.
Срок полномочий Ученого Совета академии - 5 лет.