Научно-исследовательская деятельность является приоритетным направлением деятельности академии. Ей руководит д.м.н., профессор, Заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент РАМН Медведева И.В. Под непосредственным управлением проректора по НИР находятся: научный отдел, аспирантура, Центральная научно-исследовательская лаборатория, диссертационные советы, патентовед, метролог.
В течении 2000 – 2003 годов академией издавался журнал «Научный вестник Тюменской медицинской академии», который выходил каждый месяц тиражом 300 экземпляров. С 2004 года стал издаваться журнал «Медицинская наука и образование Урала», который прошел экспертизу в Минздравсоцразвитии и с 2006 года одобрен Всероссийской Аттестационной Комиссией и включен в перечень научных журналов для опубликования основных результатов диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук.
Научно-исследовательская работа академии осуществляется на базе Центральной научно-исследовательской лаборатории (ЦНИЛ), многопрофильной клиники и на кафедрах академии.
Кроме того, в академии сформированы собственные научные школы:
• Механизмы связи гемостаза и перекисного окисления липидов: экспериментальные и клинические исследования (проф. Бышевский А.Ш.)
• Становление органоспецифической детерминации, реактивности генетически родственных тканей в онтогенезе и влияние регуляторных механизмов на тканевые процессы проф. Дунаев П.В. , Соловьев Г.С., проф. Пантелеев С.М.).
• Хронобиологические и хрономедицинские аспекты онтогенеза позвоночных, в том числе человека ( проф. Губин Г.Д., проф. Губин Д.Г. )
• Клинические и популяционные аспекты изменений клеточных мембран под воздействием факторов питания (член-корр. РАМН, проф. Медведева И.В.)
• Научные основы профилактики, диагностики, лечения важнейших инфекционных заболеваний (проф. Кашуба Э.А.)
• Изучение вопросов патогенеза, лечения, вторичной профилактики обострений ИБС (проф. Шалаев С.В.)
Основные научные направления академии:
• Гемостазиология в норме и патологии.
• Мембранология в патогенезе нарушений и коррекции клеточных мембран при заболеваниях внутренних органов.
• Научные основы профилактики, диагностики, лечения важнейших инфекционных заболеваний.
• Закономерности морфогенезов в эволюции, индивидуальном развитии и эксперименте.
• Механизмы адаптации человека к различным экологическим условиям и спонтанная двигательная активность человека.
• Научные основы разработки оптимальных технологий сохранения здоровья женщин и детского организма в различные возрастные периоды.
• Разработка новых методов диагностики и лечения в хирургической медицине.
• Хронобиология и хрономедицина, биология развития. Биоритмы гемопоэза.
Академия участвует в разнообразных конкурсных программах, среди которых: Отраслевые программы Минздравсоцразвития РФ, Целевая программа Миннауки и Минобразования «Интеграция», Федеральная программа «Предупреждение и борьба с социально-значимыми заболеваниями», проект ЕС «Поддержка развития системы учреждений первичной медицинской помощи на государственном и муниципальном уровне» и др.
На основе творческого сотрудничества академия выполняет совместные исследования с научными учреждениями США и Германии, НИИ РАМН, СО РАМН, НИИ и ВУЗами г.г. Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Омска, Екатеринбурга, ЦНИИ стоматологии МЗ РФ, Тюменским НИИ краевой патологии, ТНГУ, ТГУ и др.
Результаты научных исследований представлены на научных конференциях, форумах, опубликованы в научных, научно-методических отечественных, международных и зарубежных изданиях, и что особенно важно находят конкретное применение в региональных, муниципальных учреждениях, а также в учебном процессе.
В период 2003-2008 гг. на базе академии проведено 120 научно-практических мероприятий, из них 5 симпозиумов, 3 форума, 1 ассамблея, 112 конференций (из них Международного уровня - 5, Всероссийского - 7, межрегионального и регионального – 25), что, несомненно, является высоким показателем среди ВУЗов России.
Среди наиболее значимых мероприятий этого времени стоит отметить:
• Всероссийская конференция хирургов «Перитониты. Новые технологии в абдоминальной хирургии», 2003 г.;
• Межрегиональная конференция УралФО «Фармацевтическое образование и наука - практической фармации», 2004;
• Международная научно-практическая конференция «Высокие технологии в медицине», 2004;
• Научно-практическая конференция «Актуальные вопросы ревматологии», 2004;
• IV и V Терапевтические форумы «Актуальные вопросы диагностики, лечения и профилактики наиболее распространенных заболеваний внутренних органов», 2005, 2008.
• I Съезд ревматологов Урала, 2006;
• 4-я конференция в рамках реализации национального проекта «Здоровье»: «Жизнесохраняющие технологии в профилактике и лечении сердечно-сосудистых заболеваний», 2006;
• «Человек и лекарство. Урал-2007».
За период с 1976 по 2008 научно-педагогическими работниками академии получено 143 Авторских свидетельства на изобретение, более 80 Патентов на изобретение и 23 Свидетельства на полезную модель.
Ученые академии внесли значительный вклад в подготовку к изданию энциклопедий Тюменской области, Ханты-Мансийского и Ямало-Ненецкого автономных округов - разделы «Медицина и здравоохранение» и «Флора Тюменской области».